„Miłość i służba nadają sens naszemu życiu”.
Jan Paweł II


1 września 1990 roku, kiedy to na podstawie decyzji Kuratora Oświaty i Wychowania została założona Szkoła Podstawowa w Kleosinie z klasami I - III. Do wydania decyzji przyczynił się wielki zapał i aktywność Heleny Popławskiej – wieloletniego pracownika oświaty, którą powołano na dyrektora tej szkoły. Początkowo szkoła funkcjonowała w budynku zastępczym - stołówce Peberolu. 

Trzy lata później władze gminy, kuratorium oraz mieszkańcy Kleosina zaangażowali się w budowę nowej szkoły, a całym przedsięwzięciem kierował Społeczny Komitet Budowy Szkoły w Kleosinie. 10 października 1993 r. dokonano wmurowania kamienia węgielnego pod budowę szkoły i podpisania aktu erekcyjnego.

1 września 1995 r. decyzją Kuratora Oświaty w Białymstoku zmieniono strukturę organizacyjną Szkoły Podstawowej w Kleosinie poprzez podwyższenie stopnia organizacyjnego z klas I- III do I – VIII. Dnia 15 lutego 1996 roku nastąpiło otwarcie nowej szkoły. 

We wrześniu 1997 roku powołano Urszulę Oksztulską na stanowisko wicedyrektora. W następnym roku szkole nadano imię Jana Pawła II. W ramach reformy edukacji w 1999 roku założono Gimnazjum w Kleosinie, a dyrektorem Szkoły Podstawowej i Gimnazjum została Teresa Zarzecka. W dniu 29 kwietnia 2001 roku oddano do użytku sale gimnastyczną. Wraz z rozpoczęciem nowego roku szkolnego w ramach zmiany organizacji Szkoły Podstawowej i Gimnazjum utworzono Zespół Szkół w Kleosinie, a funkcję dyrektora tej placówki powierzono Teresie Zarzeckiej, wicedyrektorów zaś Urszuli Oksztulskiej i Grażynie Smoczek. Kilka dni później uroczyście otworzona została biblioteka szkolna. Kolejnym krokiem związanym ze zmianami organizacyjnymi było przeniesienie imienia Jana Pawła II na Zespół Szkół w Kleosinie, którego dokonano w dniu 16 października 2003 roku.

1 września 2006 r. stanowisko dyrektora objęła Bożena Nienałtowska. Wicedyrektorami zostały: Ewa Toczyńska i Barbara Rezanow. Pod koniec 2006 roku teren szkoły został wzbogacony o nowe boisko wielofuncyjne.

1 września 2011 r. powołano nowego dyrektora szkoły Marcina Hoduna oraz wicedyrektorów: Grażynę Rutkowską oraz Barbarę Mazurek. W 2013 roku na zagospodarowanym terenie szkoły powstał plac zabaw dla dzieci, tereny rekreacyjne oraz parking.